Le zooplancton constitue la nourriture favorite de nombreux poissons de récifs. Certains de tailles gigantesques (requin baleine, raie manta) ou plus petite (anchois, harengs), le prélèvent en filtrant l’eau de mer à travers leurs branchies ; d’autres (demoiselles ou serrans nains) sont capable d’effectuer un choix en capturant leurs proies une par une. Le plancton gélatineux (salpes et cténophores) constitue la proie favorite de certains balistes et lutjans. Les planctonophages nocturnes (poissons soldats, apogons et priacanthes) se nourrissent surtout de plancton de grande taille comme les larves de crustacés.