Les principaux omnivores sont représentés par les poissons papillons ainsi que par les balistes et les diodons. De nombreuses espèces de poissons papillons consomment une grande variété de petits invertébrés et de polypes de coraux, qu’ils prélèvent avec parcimonie au sein de leur territoire relativement étendu. Le poisson lime ainsi que certains poissons papillons se nourrissent exclusivement de polypes de coraux qu’ils sucent grace à un museau allongé et à une dentition adaptée. Le grand poisson perroquet à bosse et plusieurs autres poissons (balistes, poissons limes et diodons) croquent des morceaux entiers de coraux, squelette y compris. Balistes, poissons limes et diodons ingèrent également divers invertébrés à carapace dur (oursins, crustacés et étoiles de mer) ainsi que des algues calcaires dures.