Les eaux du détroits de Lembeh ne sont pas de la couleur bleue classique des tropiques à cause du sable noir sur son fond et parce que l’eau est très riche en substance nutritive. Les courants quotidiens au travers du détroit délivre un apport de nourriture régulier aux eaux locales et donc à la vie marine qui s’y trouve. En plus de l’hippocampe pygmée, c’est monnaie courante de trouver des animaux qui seraient très difficiles de trouver ailleurs, comme des poissons grenouilles, le poisson mandarin, des poissons fantômes, des anguilles rubans et des poissons grenouilles, des squilles géantes, des uranoscopes et des petits poisson-dragons.
