Mais si la pression près de l'Indonésie se met à augmenter et celle près de l'Amérique du sud diminue, la différence de pression devient moins importante et les alizés commencent à perdre de leur vigueur dans le centre et l'ouest du Pacifique; à la limite, ils pourraient même changer de direction. C'est là qu'un El Niño s'installe. L'eau chaude de l'ouest se déplace alors vers les côtes du Pérou; il semble que le voyage prendrait environ 3 mois.

Le centre et l'est de l'océan se réchauffent donc, chauffant ainsi l'air humide qui le surplombe, créant de la convection et formant des nuages et de la pluie. Résultat : cette zone de précipitations et d'orages s'étend alors plus à l'est qu'habituellement. Ces orages, fournissant à la haute atmosphère de l'humidité et des vents, influencent le courant-jet. Ces forts vents en altitude, qui entraînent les systèmes météorologiques, sont déviés, modifiant ainsi la trajectoire des tempêtes. L'atmosphère continue de s 'ajuster en provoquant une baisse barométrique sur le centre et l'est du Pacifique, alors que sur l'Australie et l'Indonésie, la pression augmente. Ces changements de pression jouent sur la force des alizés qui continuent encore à faiblir et à se retirer vers l'est.

Plus l'eau et le vent s'"obstinent" ainsi, plus le El Niño devient important. Il est alors très difficile de dire qui, du vent ou de la mer, a initié ce phénomène, ni qui le fera se renverser. C'est un jeu d'action-réaction. Les alizés redeviendront plus forts entraînant les eaux chaudes de surface vers l'ouest et les eaux froides des profondeurs remonteront le long de l'équateur vers l'est; c'est "La Nina" (la fille) ou "El Viejo" (le vieillard). Environ 18 mois sont nécessaires pour boucler le cycle. Mais, ce scénario faisant naître un El Niño est bien théorique, car tous ne sont pas similaires.